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  学校拥有第一附屬醫院、附属省立医院、附属合肥市第一人民医院、附属口腔医院、第四临床学院(合肥市第二人民医院)、第五临床学院(六安市人民医院)、第六临床学院(巢湖市第一人民医院)、杭州临床学院(杭州市第三人民医院)、解放军八一临床学院(中国人民解放军第81医院)、解放军临床学院(解放军第105医院)、精神卫生临床学院(合肥市第四人民医院)、妇幼保健临床学院(合肥市妇幼保健院)、解放军八一临床学院(中国人民解放军第81医院)、滁州临床学院(滁州市第一人民医院)、山东皮肤病临床学院、上海皮肤病性病临床学院、合肥口腔临床学院(合肥市口腔医院)、儿科临床学院(省立儿童医院)、宿州临床学院(宿州市人民医院)、解放军306临床学院(北京中国人民解放军第306医院)、解放军307临床学院(北京中国人民解放军第307医院)、空军临床学院(北京中国人民解放军空军总院)、北京军区总医院临床学院(北京中国人民解放军军区总院)、新疆临床学院(新疆维吾尔自治区人民医院)、附属安庆医院等30余家临床教学实习医院;拥有合肥市疾病控制中心等预防医学、卫生管理及其他专业实践教学基地40余家;分布于本省各市及北京、上海、江苏、山东、浙江、广东等省市。

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